2022-04-01から1ヶ月間の記事一覧

japanmeshでメッシュポリゴンをsf形式に変換

R GIS

japanmeshはjpmeshより何かと処理速度が速くて助かる。mesh_codeさえわかれば、それをポリゴンにしてsf形式のtibbleにすることもできる。こんな感じ。 japanmeshがなくなってjpgridになったver (data with meshcode) %>% mutate( geometry = map( .x = mesh_…

tidymodelsのprep, juice, bakeの必要性

R

tidymodelsでなんでわざわざprepとかjuiceとかbakeせなあかんのよくわからんかった。同じ疑問を持つ人もいるようだ。 https://community.rstudio.com/t/are-prep-bake-and-juice-needed-to-train-evaluate-a-model/84916 workflowつかうなら別にいらんくね?…

GoodNotesで書籍を読み込むとき

書籍のpdfをGoodNotesに読み込む方法をいつも忘れるのでメモ。 iTunes起動→iPad接続→ライブラリ→ミュージックの横のiPadボタン→ファイル共有→GoodNotes→読み込みたいpdfをドラッグアンドドロップ 以上

glmnetで説明変数の上限を超えたとき

glmnetでは説明変数の個数に上限があるらしい。300個以上の説明変数をつかったモデルを組んだら、こんなエラーがでた。 Error: protect(): protection stack overflow同じことについて質問している人がいた。 https://stackoverflow.com/questions/32826906/…

future_mapでメモリが足りませんと言われたら

future_mapをつかったら、こんなエラー文がでた。 Error in getGlobalsAndPackages(expr, envir = envir, persistent = persistent, : The total size of all global objects that need to be exported for the future expression (‘head(a)’) is XXX MiB. T…

ENMevalでhingeを設定するとバグるときがある

なぜかhingeをfeatureに指定すると時々バグる https://groups.google.com/g/Maxent/c/PE_MCCqxEV4 https://github.com/jamiemkass/ENMeval/issues/57

変数名の一括変換

・特定の文字列をもつ変数のみに、特定の変数名の変換処理を適用したいとき rename_at(.vars = vars(contains(特定の文字列), .funs = (変換処理))

for文の並列処理への書換について

1.まずはfor文でいったん処理を書き下す for (i in 引数) { (処理) } 2.for文のiterationを引数に持つ関数に書き換える 関数 <- function(i = 引数) { (処理) } 3.future_mapに2の関数を埋め込む future::plan(future::multisession) furrr::future…

maxentについて

在データしか手に入らない状況で、なんとか種分布モデルを構成したいときに、最近よく使われるようになっているmaxent。 総個体数が一定のある生物が限られた環境中(メッシュと読み替えても良い)に分布しており、各環境での個体数はその地点の環境要因と連…